Rash thoughts about .NET, C#, F# and Dynamics NAV.

Am 26. bis 28. November 2007 findet am Institut für Informatik der Uni Halle die ECOWS 2007 statt – eine Konferenz, die sich direkt mit der Standardisierung von WebServices bzw. Serviceorientierter Architektur (SOA) befasst. Ein Vorbeischauen lohnt sich sicher.

Mit dem folgenden Rätsel kann man seine eigene “Funktionale Gebundenheit” überprüfen.

Folgende Situation: Man steht in einem Flur mit 3 Lichtschaltern und einer geschlossenen Tür. Hinter der Tür ist ein Raum mit einer Lampe. Die Aufgabe besteht darin, heraus zu finden welcher Lichtschalter zur Lampe gehört (Lampe am Anfang aus). Man darf dafür vor dem Öffnen der Tür beliebig viele Lichtschalter umlegen (sind alle zu Beginn ausgeschaltet). Nachdem man die Tür geöffnet hat, darf man keinen Schalter mehr betätigen.

Die Lösung des Rätsels ist eine Vorschrift mit der man sicher den Schalter bestimmen kann – man muss also nicht raten.

“He who hasn’t hacked assembly language as a youth has no heart. He who does as an adult has no brain.”

John Moore

Die mathematische Projektarbeit zur Fisher-Gleichung von Matthias Enders, Sebastian Wolf und Steffen Forkmann ist ab jetzt zum Download verfügbar. Hier ein Auszug aus der Einleitung:

“Die Fisher-Gleichung, auch als Kolmogorov-Petrovsky-Piscounov-Gleichung (KPP- Gleichung) bezeichnet, wurde im Jahre 1937 von Andrei Nikolaevich Kolmogorov (1903-1987) und Sir Ronald Aylmer Fisher(1890-1962) unabhängig voneinander untersucht.

Fisher nutzte sie, um die Ausbreitung eines vorteilhaften Gens innerhalb einer Population zu beschreiben. Die Gleichung vereint logistisches Wachstum mit einem Diffusionsterm in einer partiellen Differentialgleichung. Neben der Beschreibung von chemischen Reaktionen wird die Fisher-Gleichung heute vor allem dazu genutzt, die Invasion einer oder mehrerer Spezies in ein neues Gebiet zu modellieren.

Dieses Thema ist in der heutigen globalisierten Welt von großer Bedeutung, da durch den hohen Waren- und Personenverkehr immer öfter Organismen in vollkommen fremde Habitate eingeschleppt werden. Diese sogenannten Neobiota können bei fehlenden natürlichen Feinden weitreichende ökonomische und ökologische Schäden anrichten, wie aktuelle aber auch historische Beispiele zeigen.

Das wohl bekannteste Beispiel ist die Kaninchenplage in Australien, welche große Schäden in der Agrarwirtschaft verursacht hat. Das Aussetzen von nur 24 Kaninchen zu Jagdzwecken führte nach kurzer Zeit zu einer massiven Vermehrung der Kaninchen über den gesamten Kontinent. Aufgrund der Schwere der Massenvermehrung und den dramatischen Ernteverlusten wurde zwischen 1901 und 1908 sogar ein über 3000 km langer kaninchensicherer Schutzzaun (“Rabbit-Proof-Fence”) gebaut.

Als weiteres Beispiel für invasive Arten sei die aus Afrika stammende “Gelbe Spinnerameise” (Anoplolespsis gracilipes) gennant, die auf der Weihnachtsinsel im Pazifik innerhalb von nur eineinhalb Jahren circa drei Millionen Krabben getötet hat und den Fortbestand dieser und einiger anderer Arten akut bedroht.”

Im weiteren geht es um die mathematische Modellierung, die Analysis und die Simulation der Fisher-Gleichung.

Der Studierendenrat der Martin-Luther-Universität Halle richtet vom 20. bis 21.4.2007 das 1. Universitätsturnier im Pokern aus. Anmeldungen werden noch angenommen. Das Startgeld beträgt 10 € für Studenten und 13 € für Gäste.

Wer noch etwas Geld verdienen will, kann sich übrigens auch als Dealer bewerben.

In einem lesenswerten Artikel erklären Dr. Piers Barnes und Nic Svenson wieviele Aufnahmen man statistisch machen muss, damit in einem Gruppenbild niemand blinzelt. Sie modelieren dabei die durchschnittliche “Blinzelrate” mit 10 pro Minute. Ein Blinzeln dauert dabei ungefähr 250ms während die Belichtungszeit mit 8ms angegeben wird. Dann werden einigen weitere Annahmen getätigt und Dr. Barnes gibt im Anschluss eine Faustformel für Gruppen mit max. 20 Personen ab:

“Divide the number of people by three if there’s good light and two if the light’s bad.”

Die Anzahl der benötigten Fotos steigt natürlich stark mit der Anzahl der Personen. Bei ca. 30 Personen braucht man schon 30 Fotos um eine 99% Chance auf ein gutes Bild zu haben – bei 50 Personen ist es dagegen schon statistisch aussichtslos.

Gefunden über: Farbfoto

Wenn man Dokumente mit mehr als 10 Seiten schreiben möchte, empfiehlt es sich immer Latex und Co. zu benutzen. Unter http://www.dml.drzoom.ch/ gibt es eine sehr ausführliche Anleitung zum Schreiben von Diplomarbeiten in Latex – samt den Quellen.

“Diplomarbeit mit LaTeX” ist ein ausführliches Dokument welches einen einfachen Einstieg in Latex unter Windows beschreibt. In der Anleitung wird die LaTeX-Distribution MiKTeX beschrieben in Kombination mit dem TeXnicCenter.

Downloads

• Diplomarbeit mit Latex – Tutorial (als PDF)
• Diplomarbeit mit Latex – Quellcode
• TeXaide – Leicht bedienbarer Formeleditor für LaTeX
• wsW2LTX wandelt Word-Dateien in das TeX-Format um.
• LyX – Editor der WYSIWYM bietet (gut für WYSIWYG-Umsteiger).

Am Leibniz Institut für Pflanzenbiochemie mache ich über die vorlesungsfreie Zeit eine Projektarbeit zusammen mit Michael Gerlich. Diese hat folgendes Thema: Analysepipeline für FTICR Daten

Am IPB wird ein FTICR Massenspektrometer u.a. zur Metabolitenanalyse betrieben.

Ziel des Projektes ist es, die für LC-MS bestehende Analysepipeline der Arbeitsgruppe für die Verarbeitung der FTICR Daten anzupassen. Dazu gehören folgende Aufgaben:

• Konvertierung der Bruker Rohdaten in das mzData Format. Entweder über die Software CompassXport oder die Tools des ProteomeCommons Projektes (Evaluation & Auswahl).
• Import des mzData Files in die IPB-eigene Datenbank (Dieser Teil ist bereits implementiert).
• Signalverarbeitung der FTICR Daten mit Bioconductor/PROcess oder OpenMS tools.
• Zuordnung der Massen aus verschiedenen Messungen
• Clustering der Daten mit den Algorithmen aus unserer Toolbox

Das System soll als Pipeline in R und/oder Java implementiert werden, und über JavaServerFaces bedient werden.

Diese Projektarbeit umfasst auch eine Hausarbeit.

Morgen werde ich zusammen mit Matthias Enders und Sebatian Wolf einen Vortrag über die Fisher-Gleichung halten. Die Fisher-Gleichung beschreibt ein mathematisches Modell mit dem man die Ausbreitung invasiver Arten beschreiben kann. Dieser Teil geht um die mathematische Analysis der Fisher-Gleichung – einige Simulationen werden später folgen.

Weitere Informationen gibt es auch in einem Artikel über die Modellierung biologischer Invasionen mit Reaktions-Diffusionsgleichungen von Ba Kien Tran.

Die einflussreiche Wissenschaftszeitschrift “Nature” bietet seit Anfang des Jahres einen Podcast-Service an. Jede Woche wird dort über aktuelle Spitzenforschung berichtet.

Weiterhin gibt es bei nature.com nun auch einen Video-Streaming-Dienst. In der aktuelle Folge geht es um die Sequenzierung der Neanderthaler-DNA in Leipzig und den Vergleich der Neanderthaler-DNA mit der des “Modernen Menschen”.