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"Every solution will only lead to new problems."

Monday, 5. February 2007


Projektarbeit am IPB Halle

Filed under: BioInformatik — Sebastian Wolf at 10:23 Uhr

Am Leibniz Institut für Pflanzenbiochemie mache ich über die vorlesungsfreie Zeit eine Projektarbeit zusammen mit Michael Gerlich. Diese hat folgendes Thema: Analysepipeline für FTICR Daten

Am IPB wird ein FTICR Massenspektrometer u.a. zur Metabolitenanalyse betrieben.

Ziel des Projektes ist es, die für LC-MS bestehende Analysepipeline der Arbeitsgruppe für die Verarbeitung der FTICR Daten anzupassen. Dazu gehören folgende Aufgaben:

  • Konvertierung der Bruker Rohdaten in das mzData Format. Entweder über die Software CompassXport oder die Tools des ProteomeCommons Projektes (Evaluation & Auswahl).
  • Import des mzData Files in die IPB-eigene Datenbank (Dieser Teil ist bereits implementiert).
  • Signalverarbeitung der FTICR Daten mit Bioconductor/PROcess oder OpenMS tools.
  • Zuordnung der Massen aus verschiedenen Messungen
  • Clustering der Daten mit den Algorithmen aus unserer Toolbox

Das System soll als Pipeline in R und/oder Java implementiert werden, und über JavaServerFaces bedient werden.

Diese Projektarbeit umfasst auch eine Hausarbeit.

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1 Comment »

  1. Coole Sache Basti. Viel Spaß euch beiden.

    Comment by Steffen Forkmann — Monday, 5. February 2007 um 10:54 Uhr

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