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Am Leibniz Institut für Pflanzenbiochemie mache ich über die vorlesungsfreie Zeit eine Projektarbeit zusammen mit Michael Gerlich. Diese hat folgendes Thema: Analysepipeline für FTICR Daten

Am IPB wird ein FTICR Massenspektrometer u.a. zur Metabolitenanalyse betrieben.

Ziel des Projektes ist es, die für LC-MS bestehende Analysepipeline der Arbeitsgruppe für die Verarbeitung der FTICR Daten anzupassen. Dazu gehören folgende Aufgaben:

• Konvertierung der Bruker Rohdaten in das mzData Format. Entweder über die Software CompassXport oder die Tools des ProteomeCommons Projektes (Evaluation & Auswahl).
• Import des mzData Files in die IPB-eigene Datenbank (Dieser Teil ist bereits implementiert).
• Signalverarbeitung der FTICR Daten mit Bioconductor/PROcess oder OpenMS tools.
• Zuordnung der Massen aus verschiedenen Messungen
• Clustering der Daten mit den Algorithmen aus unserer Toolbox

Das System soll als Pipeline in R und/oder Java implementiert werden, und über JavaServerFaces bedient werden.

Diese Projektarbeit umfasst auch eine Hausarbeit.