Rash thoughts about .NET, C#, F# and Dynamics NAV.


"Every solution will only lead to new problems."

Monday, 5. February 2007


Projektarbeit am IPB Halle

Filed under: BioInformatik — Sebastian Wolf at 10:23 Uhr

Am Leibniz Institut für Pflanzenbiochemie mache ich über die vorlesungsfreie Zeit eine Projektarbeit zusammen mit Michael Gerlich. Diese hat folgendes Thema: Analysepipeline für FTICR Daten

Am IPB wird ein FTICR Massenspektrometer u.a. zur Metabolitenanalyse betrieben.

Ziel des Projektes ist es, die für LC-MS bestehende Analysepipeline der Arbeitsgruppe für die Verarbeitung der FTICR Daten anzupassen. Dazu gehören folgende Aufgaben:

  • Konvertierung der Bruker Rohdaten in das mzData Format. Entweder über die Software CompassXport oder die Tools des ProteomeCommons Projektes (Evaluation & Auswahl).
  • Import des mzData Files in die IPB-eigene Datenbank (Dieser Teil ist bereits implementiert).
  • Signalverarbeitung der FTICR Daten mit Bioconductor/PROcess oder OpenMS tools.
  • Zuordnung der Massen aus verschiedenen Messungen
  • Clustering der Daten mit den Algorithmen aus unserer Toolbox

Das System soll als Pipeline in R und/oder Java implementiert werden, und über JavaServerFaces bedient werden.

Diese Projektarbeit umfasst auch eine Hausarbeit.

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Sunday, 17. December 2006


Nature – Wissenschaftliche Podcasts und Video-Streaming

Filed under: Wissenschaft — Steffen Forkmann at 18:59 Uhr

Die einflussreiche Wissenschaftszeitschrift “Nature” bietet seit Anfang des Jahres einen Podcast-Service an. Jede Woche wird dort über aktuelle Spitzenforschung berichtet.

Weiterhin gibt es bei nature.com nun auch einen Video-Streaming-Dienst. In der aktuelle Folge geht es um die Sequenzierung der Neanderthaler-DNA in Leipzig und den Vergleich der Neanderthaler-DNA mit der des “Modernen Menschen”.

Topforschung in Leipzig

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Thursday, 16. June 2005


Bioinformatik: Mustererkennung zur AIDS-Heilung

Filed under: BioInformatik — Steffen Forkmann at 12:19 Uhr

Unter http://www.research.microsoft.com/videos/hiv.wmv gibt es ein interessantes Video zur Mustererkennung und der Anwendung in der AIDS-Forschung.

In der Informatik gibt es aber jedoch noch viele weitere Problemstellungen, die fehlertolerante Mustervergleiche erfordern. Hierunter fallen die Spracherkennung, der Vergleich von Fingerabdrücken sowie die Sequenzanalyse in der Bioinformatik. Wie man effizient Sequenzen vergleichen kann, wird in dieser Arbeit beschrieben.

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