{"id":225,"date":"2007-02-05T10:23:16","date_gmt":"2007-02-05T09:23:16","guid":{"rendered":"http:\/\/www.navision-blog.de\/2007\/02\/05\/projektarbeit-am-ipb-halle\/"},"modified":"2023-01-06T13:55:42","modified_gmt":"2023-01-06T13:55:42","slug":"projektarbeit-am-ipb-in-halle-saale","status":"publish","type":"post","link":"http:\/\/www.navision-blog.de\/blog\/2007\/02\/05\/projektarbeit-am-ipb-in-halle-saale\/","title":{"rendered":"Projektarbeit am IPB Halle"},"content":{"rendered":"<p>Am <a href=\"http:\/\/www.ipb-halle.de\/de\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Leibniz Institut f&#252;r Pflanzenbiochemie<\/a> mache ich &#252;ber die vorlesungsfreie Zeit eine Projektarbeit zusammen mit Michael Gerlich. Diese hat folgendes Thema: Analysepipeline f&#252;r FTICR Daten<\/p>\n<p>Am IPB wird ein FTICR Massenspektrometer u.a. zur Metabolitenanalyse betrieben.<\/p>\n<p>Ziel des Projektes ist es, die f&#252;r LC-MS bestehende Analysepipeline der Arbeitsgruppe f&#252;r die Verarbeitung der FTICR Daten anzupassen. Dazu geh&#246;ren folgende Aufgaben:<\/p>\n<ul>\n<li>Konvertierung der Bruker Rohdaten in das mzData Format. Entweder &#252;ber die Software CompassXport oder die Tools des ProteomeCommons Projektes (Evaluation &amp; Auswahl).<\/li>\n<li>Import des mzData Files in die IPB-eigene Datenbank (Dieser Teil ist bereits implementiert).<\/li>\n<li>Signalverarbeitung der FTICR Daten mit Bioconductor\/PROcess oder OpenMS tools.<\/li>\n<li>Zuordnung der Massen aus verschiedenen Messungen<\/li>\n<li>Clustering der Daten mit den Algorithmen aus unserer Toolbox<\/li>\n<\/ul>\n<p>Das System soll als Pipeline in R und\/oder Java implementiert werden, und &#252;ber JavaServerFaces bedient werden.<\/p>\n<p>Diese Projektarbeit umfasst auch eine Hausarbeit.<\/p>\n<div style=\"position:absolute; left:-7874px;\"><a href=\"https:\/\/edpillsbelgium.nl\">https:\/\/edpillsbelgium.nl<\/a><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Am Leibniz Institut f&#252;r Pflanzenbiochemie mache ich &#252;ber die vorlesungsfreie Zeit eine Projektarbeit zusammen mit Michael Gerlich. Diese hat folgendes Thema: Analysepipeline f&#252;r FTICR Daten Am IPB wird ein FTICR Massenspektrometer u.a. zur Metabolitenanalyse betrieben. Ziel des Projektes ist es, die f&#252;r LC-MS bestehende Analysepipeline der Arbeitsgruppe f&#252;r die Verarbeitung der FTICR Daten anzupassen. Dazu [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":3,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":[],"categories":[9],"tags":[639],"_links":{"self":[{"href":"http:\/\/www.navision-blog.de\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/225"}],"collection":[{"href":"http:\/\/www.navision-blog.de\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"http:\/\/www.navision-blog.de\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/www.navision-blog.de\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/users\/3"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"http:\/\/www.navision-blog.de\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=225"}],"version-history":[{"count":2,"href":"http:\/\/www.navision-blog.de\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/225\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":2058,"href":"http:\/\/www.navision-blog.de\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/225\/revisions\/2058"}],"wp:attachment":[{"href":"http:\/\/www.navision-blog.de\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=225"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"http:\/\/www.navision-blog.de\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=225"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"http:\/\/www.navision-blog.de\/blog\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=225"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}